《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
2048年，灵云系统作为“智能脑大众化应用”的首例，在蜃泉市城市范围内试用。当日灵云系统发布会的事故引发了其创始人周童，赵飞白以及儿时挚友阿依古丽，艾孜买提之间的理念情感纠葛。为达成自己的目的，周童将赵飞白，阿依古丽和艾孜买提的“脑意识”被封闭在灵云系统内的沙盒空间，却无意间触发了系统的“初始智能AI”------露可可的启动。一切皆联系于当年四人记忆中的“印迹”游戏，一场以“人心羁绊”为代码的智能危机在现实和虚拟世界之间展开
从一个灵气枯竭的末法时代，来到了武道昌盛的世界，诡异死亡的灵种，危机四伏的局面，让处于深渊的王昊何去何从？
地球遭到不明生物攻击，经调查是一种外来生物，是外星人利用恐龙基因重组新创的一种残暴复合恐龙，外星人想占领地球，为保卫地球，蓝猫等人奉命前往恐龙时代寻找恐龙基因。来到恐龙时代后，被救助的鸭嘴龙带蓝猫、淘气来到恐龙家族，恐龙家族把他们看作英雄，结下深厚友谊。在鸭嘴龙的帮助之下，暴风雨夜，蓝猫和伙伴们找到了的植食恐龙——副栉龙的家族。霸王龙，在恐龙家族中非常孤单，因为他好杀戮，脾气暴躁，蓝猫一次次救起被霸王龙杀戮的小恐龙。直到一次大泥石流灾难中，霸王龙遇险，蓝猫等舍身救助，霸王龙被感动了，原来他是一个流浪儿，从小就遭到同类排斥，当蓝猫和伙伴们给予他关爱时，他感动了……新的调查任务来了，在见多识广的霸王龙的带领下蓝猫调查小组进入新的地域，遭遇了暴龙……
陈锋意外获得现世与末世废土双向穿越的能力，没有选择独行倒卖，而是带着丧尸样本与基因药剂主动向国家坦白，并当众展示穿越能力，将整个末日世界“上交”国家。国家迅速成立“火种计划”指挥部，开启跨世界战略布局。陈锋带领现代化特种部队重返废土，以精准步枪、装甲战车、远程火箭炮对丧尸潮、废土军阀与变异暴君实施降维打击。同时，末世黑科技反向赋能现世，推动科技跨越式发展，也引来敌对大国的觊觎与围堵。故事围绕国家机器碾压末日怪物、双线崛起展开，展现跨世界争霸与文明升级的宏大征程。
云飞雪的父亲云天罡与哥哥云飞山在八年前在护送龙脉的任务中惨遭暗算，云家血脉仅剩年幼的云飞雪，而云飞雪也被一股神秘的力量所寄生，那股力量竟与云飞雪合二为一，并幻化出一个与他一模一样的幻影，幻影寄生于云飞雪的意识之中，时刻准备着积蓄力量，吞噬掉他的神魂。刚刚压制住体内幻影的云飞雪收到父兄惨死的噩耗，心知若想为亲人报仇，重振云家，只有韬光养晦，隐藏实力。他明里游手好闲，背地里却聚集了一个名叫“暗影”的组织，暗中调查当年谜案。 在潜龙城看似无忧无虑的生活中，其实危机四伏。经过调查，云飞雪找到了当年的线索，顺藤摸瓜找到了当年幕后操控的组织——金龙卫！此时的金龙卫已经不再是皇帝身边值得信任的护卫组织，而是由前朝宦官李圣义操控，以当朝太子为傀儡的邪恶组织，其势力遍布庙堂与江湖。于公于私，云飞雪都要铲除这个祸害人间的组织，但金龙卫实在太过强大且行事缜密，目前云飞雪的实力还不足以与其对抗，只能暗中破坏其计划。 但金龙卫的势力已经越来越嚣张，先是暗中出手，灭了东夷一族，强抢增元强体的玄元丹。而后金龙卫的走卒肖无夜也暗中设计离间云飞雪和伙伴文青青，利用文青青来对付云飞雪。另一边金龙卫设计坑害了一直帮助云飞雪的冰城公主——薛思雨，薛思雨被家里强行召回。金龙卫对云飞雪也有所怀疑，将所有的矛头都指向了他，他明白不能再坐以待毙下去。通过“暗影”，云飞雪得知消息，金龙卫不久后在千幻岛与叶家有一场神秘交易，在千幻岛上云飞雪帮助叶家赢得了玉脉，渡过难关，从而和叶家少主——叶轻羽结为兄弟。通过叶轻羽，云飞雪得知，金龙卫一直在暗中搜寻珍贵宝物来帮助圣主——一本李圣义用来修炼的神秘武功秘籍，而这本秘籍居然是云飞雪失踪多年的母亲所留下的。与此同时云飞雪打探到，哥哥云飞山似乎还活着。父亲云天罡的死，居然和自己的哥哥有关，似乎围绕自己的谜团越来越变得诡异，云飞雪这时才发现，早在八年前，一个针对自己的阴谋早已经悄然展开……
内详
